宏基因二代测序脑脊液阴性报告分析中枢神经系统有血脑屏障的保护和自身清除功能，所以病原体在脑脊液（CSF）中的数量较少，导致阳性检出率较低。欧美国家传统的CSF培养方法阳性率大约在30-40％，像中国这样的发展中国家，从最新的调查中来看，脑膜炎中CSF培养的检出率为5.4-24.3%。早期使用抗生素还会降低CSF培养的阳性率。 另外据文献报道宏基因二代测序（mNGS）CSF阳性检出率达55%，比传统检出方法阳性率更高。尽管如此，也有近一半的患者不能检出。   接下来就和各位探讨下mNGS检测为阴性结果的可能原因。 一、非感染因素引起的 患者非感染，样本中本身无病原体。可能与免疫相关疾病、肿瘤、药物等相关。此时阴性报告具有排除感染价值。 1、自身免疫疾病 自身免疫性脑炎、系统性红斑狼疮、神经白塞氏病等可能也会引起感染性脑炎脑膜炎类似的临床表现，比如发热、认知下降、意识障碍等。结合影像学、病理学、生化指标、微生物证据、自身免疫性脑炎抗体检测等，进一步鉴别诊断感染性或自身免疫性疾病。 2、肿瘤疾病 中枢神经系统原发肿瘤、转移瘤、副瘤性神经综合征等，均可能会引起患者发热和出现中枢神经症状。随着CT、MRI等影像学技术的发展和普及，相对易于发现肿瘤和转移瘤。副瘤性神经综合征如果是在肿瘤出现前发生，影像学难以进行鉴别时可进行副瘤综合征抗体检测。 3、其他疾病 代谢性脑病、中毒性脑病、表皮样囊肿破裂、外伤、伴脑脊液中淋巴细胞增多的头痛及局灶神经功能缺失等。  二、感染因素引起的 由感染性疾病引起，mNGS检测未发现病原体，为假阴性结果，大致由以下几类原因造成： 1、微生态菌群 在排除取样过程环境因素⼲预情况下，疑似/背景微⽣物可能与样本定植菌群有关。由于感染的复杂性，并不能排除疑似/背景微⽣物引起感染的可能，必要情况下，可以根据临床表现和其他检查结合病原微⽣物列表与疑似/背景微⽣物列表进⾏综合判断。 ○ 采样时严格执行无菌操作 ○ 送检过程中严禁打开样本容器 ○ 检测时严格管控勿带入工程菌 ○ 出具报告时严禁将工程菌纳入其中  2、用药回顾 患者是感染患者，但是在采样前抗生素经验性用药治疗，且治疗有效，抑制或者消灭了病原体，使得脑脊液当中的病原体含量为无或者很少，导致宏基因检测阴性，需了解患者之前的临床用药情况。抗生素是否有效，在一定程度上也能反推患者是否有病原体感染。 3、流程选择 流程覆盖不全导致漏检。一般首选DNA流程，若患者为病毒性脑炎，不除外肠道病毒、日本乙型脑炎病毒等RNA病毒感染，所以得同时覆盖RNA流程。 临床常见的RNA病毒有： ○ 披膜病毒科如风疹病毒； ○ 布尼亚病毒科如汉坦病毒； ○ 沙粒病毒科如LCM病毒； ○ 呼肠弧病毒科如轮状病毒； ○ 冠状病毒如2019新型冠状病毒； ○ 纤丝病毒科如埃博拉病毒（EBoV）等； ○ 逆转录病毒科如人类免疫缺陷病毒（HIV）； ○ 黄病毒科如流行性乙脑病毒、丙型肝炎病毒等； ○ 正黏液病毒科如流感病毒A、流感病毒B、流感病毒C等； ○ 副黏液病毒科如麻疹病毒、腮腺炎病毒、呼吸道合胞病毒等； ○ 小RNA病毒科如甲型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、鼻病毒等。 4、样本浓度低 脑脊液当中病原体含量少，低于能检测的最低阈值，所以导致报告假阴性。 NCNSI诊治中国专家共识（2021版）中指出：对于临床疑似中枢神经系统感染时，若脑脊液培养阴性，进行mNGS检测，若所有检测都为阴性时，可再次脑脊液取样送检，以提高检出率，明确病原体。  5、mNGS信息量大，无法全部报出 由于mNGS信息量大，因此不可能在报告中列举出所有检测到的病原体，对于罕见病原体、胞内菌等，可能因检出序列数少、微生物丰度低，在报告中未能列出，如临床有疑似特殊病原体的感染，可以追溯原始数据库进行查询。 案例分享 1、非感染性疾病-排除感染 入院病史：男，34岁，因“头痛、发热一个月，抽搐发热伴意识障碍2天”就诊 体格检查：神清、语畅，但语言混乱，记忆力、定向力减退。 辅助检查：脑脊液涂片：墨汁染色未见新型隐球菌，抗酸染色未见抗酸杆菌，革兰氏染色未见细菌；梅毒螺旋体、HIV、结核、甲肝、丙肝、和戊肝抗体阴性。入院后根据患者头颅影像及腰穿结果，颅内炎症诊断明确，考虑自身免疫性脑炎可能性大，但病毒性脑炎不能除外。 检测结果：送检脑脊液样本进行mNGS检测，结果为阴性。自身免疫性脑炎和中枢脱髓鞘检测示脑脊液NMDAR阳性，临床免疫抑制治疗后患者未再出现抽搐发作伴意识障碍，未述头痛，病情好转出院。  图：自身免疫性脑炎抗体检测NMDAR阳性  图：mNGS双流程检测阴性 2. RNA病毒感染 3岁患儿，因“发热伴头痛和意识障碍”入院。 通过mNGS对患者的脑脊液样本进行DNA检测，未发现病原体；对相同样本进行DNA+RNA检测，结果提示肠道病毒71型。肠道病毒71型是一种RNA病毒，因此DNA检测结果为阴性。  mNGS的送检标准 了解中枢神经系统感染具备什么样的送检条件以及在什么时机送检，可以一定程度上提高阳性检出率。 近日，首都医科大学附属北京同仁医院神经内科发表了一篇《送检脑脊液病原宏基因组第二代测序技术客观标准再探讨》的研究，分析了mNGS测序阳性符合率与送检脑脊液病原mNGS 测序客观标准评分的关系，结果显示，随着评分的增加，mNGS 测序阳性符合率总体呈升高趋势。  研究团队提出了脑脊液病原mNGS 测序的送检标准（参照 2013 年国际脑炎联盟（IEC）共识）为： （1）精神状态改变（定义为意识水平下降或改变、嗜睡或人格改变）的持续时间 ≥ 24小时。 （2）癫痫发作，除外既往癫痫或者单纯热性惊厥。 （3）发病前或发病后 72 小时内记录到体温 ≥ 38 ℃。 （4）出现新的局灶性神经系统症状。 （5）脑脊液白细胞计数 ≥ 5/mm3 。 （6）影像学显示的脑实质新发病灶提示脑炎。 （7）脑电图异常提示脑炎。 每项标准赋值为 1，评分 ≥ 3 可考虑行脑脊液病原mNGS 测序。送检前应尽可能排除其他疾病，主要是自身免疫性脑炎。 （详情请戳→《文献速递——中枢神经系统mNGS送检客观标准再探讨》） 虽然mNGS具有比传统病原微生物检测技术更强大的效能，但目前在应用方面还存在一些需要改进的地方，建议mNGS与传统方法联合使用可以提高病原体诊断的敏感性和特异性，再与临床症状相结合进行判断，可以提高病原微生物的检出率。 |
